九价HPV疫苗在美国被叫停接种，原因是部分接种者出现了极为严重的副作用。据美国疾病控制和预防中心的报告指出，注射HPV疫苗后，常见反应包括红肿疼痛，还可能伴随头晕、恶心、头痛等症状，极少数情况下甚至可能导致晕厥。

　　这一系列事件引发了美国民众对HPV疫苗安全性的广泛质疑，影响了美国各州立法者在相关政策制定上的考量。2010年，美国进行的一项民众调查显示，高达16%的家长因担忧HPV疫苗的安全性，拒绝为孩子接种。

　　这些家长的担忧主要源自疫苗的副作用，包括常见的头痛、恶心、呕吐、乏力、头晕、昏厥、发烧及虚弱等症状。情况更加严重的甚至有女孩在接种后出现腿脚失去知觉的情况，对日后生活造成了严重影响。也是因为这个原因美国暂停了HPV疫苗的二价、四价及九价版本的接种计划。

　　目前市场上已获准上市的9价HPV疫苗均产自美国默沙东公司。该疫苗的标准接种程序为第0、2、6个月各接种一针，全程共三针。因特殊原因未能按时接种后续针次，只需补种遗漏的针次，无需从头开始接种，这不影响疫苗的整体保护效果。

多家国外媒体报道接种HPV疫苗后可能出现不良反应，导致不少美国家长出于安全考虑，选择不为子女接种HPV疫苗。因类似原因，日本曾一度传出暂停HPV疫苗接种的消息，但实际上并未全面停止，而是改为了自愿接种的形式。